junco_vulcani <-
  st_read(
    "https://raw.githubusercontent.com/gf0604-procesamientodatosgeograficos/2021i-datos/main/gbif/junco_vulcani-cr-registros.csv",
    options = c(
      "X_POSSIBLE_NAMES=decimalLongitude",
      "Y_POSSIBLE_NAMES=decimalLatitude"
    ),
    quiet = TRUE
  )
# Asignación de CRS
st_crs(junco_vulcani) = 4326

# Capa Geoespacila de cantones
cantones <-
  st_read(
    "https://raw.githubusercontent.com/gf0604-procesamientodatosgeograficos/2021i-datos/main/ign/delimitacion-territorial-administrativa/cr_cantones_simp_wgs84.geojson",
    quiet = TRUE
  )
# Cruce espacial con la tabla de cantones, para obtener el nombre del cantón
junco_vulcani <-
  junco_vulcani %>%
  st_join(cantones["canton"])

Introducción

El junco de los páramos (junco culcani) habita en zonas abiertas en enleavciones altas, usualmente por encima de los 3000 metros. Suele posarse sobre el suelo o en pequeños arbustos, generalemnete en parejas o en grupos pequeños. Su rango es muy limitado: solo en Costa Rica o en el extremo oeste de Panamá (eBird, Junco culcani)

Tabla de registros de presencia

# Tabla de registros de presencia
junco_vulcani %>%
  st_drop_geometry() %>%
  select(stateProvince, canton, locality, eventDate) %>%
  datatable(
    colnames = c("Provincia", "Cantón", "Localidad", "Fecha"),
    options = list(searchHighlight = TRUE)
  )

Gráfico de estacionalidad

# Gráfico de estacionalidad
junco_vulcani %>%
  st_drop_geometry() %>%
  group_by(mes = format(as.Date(eventDate, "%Y-%m-%d"), "%m")) %>%
  summarize(suma_registros = n()) %>%
  filter(!is.na(mes))  %>%
  plot_ly(
    x = ~ mes,
    y = ~ suma_registros,
    fill = "tozeroy",
    type = "scatter",
    marker = list(size = 10,
                  color = "orange"),
    fillcolor = "grey"
  ) %>%
  layout(
    title = "Estacionalidad",
    xaxis = list(title = "Mes"),
    yaxis = list(title = "Cantidad de registros")
  )
## No scatter mode specifed:
##   Setting the mode to markers
##   Read more about this attribute -> https://plotly.com/r/reference/#scatter-mode

Gráfico de historial

junco_vulcani %>%
  st_drop_geometry() %>%
  group_by(anio = format(as.Date(eventDate, "%Y-%m-%d"), "%Y")) %>%
  summarize(suma_registros = n()) %>%
  filter(!is.na(anio))  %>%
  filter(anio >= 2011) %>%
  plot_ly(
    x = ~ anio,
    y = ~ suma_registros,
    type = "bar",
    color = "orange"
  ) %>%
  layout(
    title = "Historial",
    xaxis = list(title = "Años"),
    yaxis = list(title = "Cantidad de registros")
  )

Mapa de distribución

# Mapa de registros de presencia
junco_vulcani %>%
  select(stateProvince,
         canton,
         locality,
         eventDate) %>%
  leaflet() %>%
  addProviderTiles(providers$OpenStreetMap.Mapnik, group = "OpenStreetMap") %>%
  addProviderTiles(providers$Stamen.TonerLite, group = "Stamen Toner Lite") %>%
  addProviderTiles(providers$Esri.WorldImagery, group = "Imágenes de ESRI") %>%
  addCircleMarkers(
    stroke = F,
    radius = 4,
    fillColor = 'orange',
    fillOpacity = 1,
    popup = paste(
      junco_vulcani$stateProvince,
      junco_vulcani$canton,
      junco_vulcani$locality,
      junco_vulcani$eventDate,
      sep = '<br/>'
    ),
    group = "Junco del páramo (Junco Vulcani)"
  ) %>%
  addLayersControl(
    baseGroups = c("OpenStreetMap", "Stamen Toner Lite", "Imágenes de ESRI"),
    overlayGroups = c("Junco del páramo (Junco Vulcani)")
  ) %>%
  addMiniMap(
    tiles = providers$Stamen.OpenStreetMap.Mapnik,
    position = "bottomleft",
    toggleDisplay = TRUE
  )